Entrambe le specie hanno origini africane, non arabe. La Coffea arabica nasce nelle foreste d'alta quota dell'antico regno di Kaffa, nel sud-ovest dell'Etiopia: è proprio da questo toponimo che deriva la parola "caffè". Già in epoca antica, la popolazione locale Oromo era solita consumare i frutti della pianta essiccati, ben prima che venisse messa a punto una qualunque tecnica di infusione.
Il nome "Arabica" arriva più tardi, ed è legato al commercio piuttosto che all'origine botanica: intorno al XV secolo i chicchi furono portati dall'Etiopia allo Yemen, dove i mercanti locali ne avviarono la prima coltivazione sistematica, in particolare nei monasteri sufi, che utilizzavano la bevanda come aiuto alla concentrazione durante le veglie di preghiera. È in questo periodo che alcuni studiosi arabi iniziarono a documentare per iscritto anche il metodo di preparazione della bevanda, contribuendo a diffonderne l'uso ben oltre i confini dello Yemen. Dal porto yemenita di Mokha, il caffè si diffuse in tutto il mondo arabo (da cui il nome che ancora oggi usiamo) per poi raggiungere l'Egitto e il resto dell'Impero Ottomano, in seguito all'espansione ottomana nella regione. Da lì, attraverso le rotte commerciali dei mercanti veneziani, il caffè arrivò infine in Europa.
La Robusta, come suggerisce il nome, deve la propria denominazione alla resistenza della pianta: rispetto all'Arabica, tollera meglio le variazioni climatiche, è meno soggetta a parassiti e malattie e garantisce rese più elevate per ettaro. Fu identificata e commercializzata solo a partire dalla seconda metà del XIX secolo, molto più tardi dell'Arabica, e originaria dell'Africa centro-occidentale.